يمثّل السلطة الأولى والأعلى في الاتحاد ويتكون من ممثلي كافة الأعضاء الأساسيين المنتسبين إليه. وله الحق في اتخاذ جميع التدابير اللازمة لتحقيق أهدافه واعتماد السياسات والبرامج اللازمة لذلك، ومنها إقرار الأنظمة الخاصة بالاتحاد، واعتماد السياسات والبرامج اللازمة لتحقيق أهدافه، الموازنة التقديرية والميزانية الختامية للاتحاد، وتحديد قيمة الاشتراكات السنوية للأعضاء، وتشكيل اللجان الدائمة والمؤقتة وتحديد مهامها واختصاصاتها.

ويشرف المجلس على عمل الأمانة العامة وعلى تنفيذ قرارات المؤتمر العام. ويتناوب الأعضاء على رئاسة المجلس بالترتيب الأبجدي للدول (حسب النظام المتبع في جامعة الدول العربية) حيث فترة الرئاسة سنتين. 

تنبثق اللجنة التنفيذية عن المجلس، وتتألف من سبعة أشخاص هم الرئيس ونائبي الرئيس وأمين المال، وثلاثة أعضاء ينتخبهم المجلس من بين رؤساء الغرف أو الاتحادات، وتكون مدة ولاية اللجنة لسنتين، ويراعى في انتخاب أعضائها تمثيل التجمعات الإقليمية.

تقوم اللجنة بمتابعة تنفيذ قرارات المجلس واتخاذ القرارات في الأمور التي تستجد في الفترات التي تفصل بين دورات المجلس، ودراسة الموازنة السنوية والموازنة الختامية. ويمكن دعوتها للانعقاد في أي وقت عند الحاجة.

هي الجهاز التنفيذي للاتحاد ويرأسه الأمين العام الذي يعينه مجلس الاتحاد لولاية مدتها أربع سنوات، ويحق للمجلس إعادة تعيينه.

ويتولى الأمين العام مسؤولية وضع برنامج سنوي لعمل الأمانة العامة ومتابعة تنفيذه وإعداد تقرير سنوي عن أعمال الاتحاد، وقضايا التكامل والتنمية والأمن الاقتصادي وغيرها من القضايا الاقتصادية الهامة. إضافة إلى متابعة الاتصال بالمؤسسات والمنظمات العربية والدولية ذات الصلة بنشاط الاتحاد بما فيها الغرف التجارية العربية الأجنبية المشتركة. فضلا عن تقديم مقترحات من شأنها توسيع نطاق الاتحاد عربياً ودولياً. ويعاونه في عمله الأمين العام المساعد وجهاز الأمانة العامة.